Éder memegang dua kerakyatan iaitu Brazil dan Itali menjadikannya layak untuk mewakili kedua-dua negara itu. Beliau layak mewakili pasukan kebangsaan Itali melalui kerakyatan Itali yang diperolehnya selepas menetap selama lebih daripada dua tahun di Itali. Beliau juga layak memperoleh kerakyatan Itali kerana moyangnya, Battista Righetto berasal dari Nove di Veneto.[40]

Sebelum ini, beliau telah disenaraikan ke dalam skuad sementara Brazil yang menghadapi Sukan Olimpik 2008. Namun, beliau tidak mendapat tempat dalam senarai akhir pemain yang dikendalikan oleh jurulatih Dunga.

Éder mula memilih untuk mewakili pasukan Itali ketika di bawah kendalian Antonio Conte selepas mempamerkan prestasi cemerlang bersama Sampdoria pada musim 2014-15.

Terdapat kontroversi yang menyelubungi Éder dan Franco Vázquez yang telah dipanggil oleh jurulatih Conte kerana masing-masing pemain itu dilahirkan di Brazil dan Argentina. Berucap dalam satu pertemuan Serie A pada 23 Mac 2015, pengurus Inter Roberto Mancini mengulas; "Pasukan kebangsaan Itali perlu dianggotai oleh orang Itali. Pemain Itali berhak beraksi untuk pasukan kebangsaan apabila seseorang yang tidak dilahirkan di Itali walaupun asal keluarganya. Saya rasakan mereka tidak layak." Conte kemudiannya mengeluarkan respon; "Jika Mauro Camoranesi [yang dilahirkan di Argentina] boleh membantu Itali menjuarai Piala Dunia 2006, mengapa tidak Éder dan Franco Vázquez membantu Azzurri untuk menjuarai Kejohanan Eropah pada tahun depan?"[41]

Pada 28 Mac 2015, Éder melakukan penampilan sulungnya untuk Itali dengan menggantikan Simone Zaza pada minit ke-58 permainan pada aksi kelayakan UEFA Euro 2016 menentang Bulgaria. Beliau kemudiannya menjarinkan gol penyamaan Itali 2-2 pada minit ke-84.[42] Beliau beraksi sebagai kesebelasan utama Itali buat pertama kali pada tiga hari kemudian ketika menentang England yang berakhir dengan keputusan seri 1-1. Beliau seterusnya digantikan oleh pemain oriundo lain, Vázquez pada minit ke-61 minutes.[43] Pada 10 Oktober 2015, Éder menjaringkan gol pembukaan perlawanan semasa menentang Azerbaijan yang tamat dengan kemenangan 3-1. Kemenangan itu telah mengesahkan kelayakan Itali ke kejohanan UEFA Euro 2016.[44] Pada 31 Mei 2016, beliau telah disenaraikan ke dalam skuad 23 orang pemain Itali oleh jurulatih Conte untuk terbang ke Euro 2016.[45] Pada 17 Jun, beliau menjaringkan gol tunggal perlawanan kedua peringkat kumpulan kejohanan menentang Sweden sekali gus mengesahkan tempat Itali ke pusingan kalah-mati[46] di samping dinobatkan sebagai "Pemain Terbaik Perlawanan" oleh UEFA.[47]